专家们首先对我系党政一把手在我系本科教学工作问题上的重视给予了高度赞扬，充分肯定了我系本科教学工作，特别是基础课教学工作取得的成绩。专家们还对我系教学管理电子化和规范化水平给予高度评价，认为我系为全校本科教学工作树立了榜样。
专家整体评价意见要点如下：
1．物理系办学指导思想目标明确，切合我系实际。如：大学物理、物理实验两门国家级精品课程继续保持品牌优势，并进一步发展；物理本科专业经过几年建设，建成1~2个江苏省特色或品牌专业等。
2．对大学物理、物理实验两门基础课的教学给予高度赞扬，认为两门国家级精品课程每年面向全校近4000名本科生进行教学，教学质量高，教学模式和手段先进，教学规范完备，为东南大学本科人才的培养奠定了基础。同时，也为两门课程师资队伍的可持续发展提出了宝贵意见。
3．充分肯定我系本科考试、毕业设计的质量，但指出某些具体的规范化工作还有待进一步努力和完善。
4．专家们对我系绝大多数老师的教学工作给予肯定，他们认真备课，教书育人，兢兢业业，甘于奉献，在教学岗位上为我校人才素质的培养发挥重要作用。同时，专家们也指出了本轮教学评估工作中发现的一些问题。
5．专家们还充分肯定了物理系三个本科专业的办学，对新办专业的师资队伍建设及实验室建设提出了一些中肯的建议。